بخشی از مالیات های ارزی افزوده به عنوان مالیات بر عوارض و آلایندگی به شهرداری ها، فرمانداری ها و امور عشایر استان ها پرداخت می شود. بخش قابل توجهی از بودجه شهرداری های مربوط به شهرهای کوچک نیز از این طریق تامین می شود.

بخش دیگری از مالیات ارزش افزود به حوزه بهداشت و ورزش تخصیص پیدا می کند. مابقی درآمدهای مالیات ارزش افزوده نیز به خزانه دولت واریز و برای هزینه های عمومی تخصیص پیدا می کند.

همچنین در بودجه سال ۱۴۰۳، مقرر شد تا رقم حاصل از یک درصد افزایش مالیات ارزش افزوده برای افزایش پرداختی های بازنشستگان و همسان سازی حقوق مورد استفاده قرار بگیرد.