بخشی از دعاهای نمازی که حضرت آیت الله العظمی خامنه ای خواندند به شرح ذیل است:
خداوندا مردان و زنان مؤمن و مردان و زنان مسلمان را بیامرز.
زندگان در میان آنها و مردگان از میان ما و میان آنها با نیکی پیروی کنید.
تو اجابت کننده دعا، برآورنده حاجاتی و هر چیزی توانا هستی.
خدایا این افراد در کفن پیچیده شده مقابل ما، بندگان تو و فرزندان بندگانت هستند.
فرزند کنیز توست، نزد تو آمده اند و تو بهترین کسی هستی که نزدش می روند.
خدایا اگر نیکوکار بودند، به احسان شان بیفزا و اگر گناهکار بودند، از آنان درگذر.
پروردگارا، ما جز نیکی از آنان سراغ نداریم و تو از ما به آنان داناتری.
خدایا آنها و ما پناهی جز تو نداریم و جز درگاه تو جایی نخواهیم یافت.
خدایا آنها را ببخش و درجاتشان را بالا ببر؛ خدایا آنها را مورد رحمت خود قرار ده و آنان را با محمد (ص) و آل محمد (ص) محشور کن.
خدایا درجاتشان را بالاتر ببر و بر محمد (ص) و آل پاک او درود فرست.